Annick Fiaschi-Dubois soutient sa thèse à l’Université de Strasbourg II sur les Histoires sacrées de M. A. Charpentier sous la direction du Professeur Marc Honegger, thèse pour laquelle elle obtient le Prix Européen ADRERUS.
Elle passe ensuite une année à l’Université d’Oxford dans le cadre d’une Bourse Lavoisier, qu’elle quitte pour séjourner, comme Pensionnaire Musicologue à l’Académie de France, à Rome (Villa Médicis).
Depuis son retour, elle est Maître de Conférences à l’Université Paul Valery Montpellier III (1993–2001), section de Musique-Musicologie qu’elle dirige et transforme en Département de Musicologie, y ouvre la préparation au CAPES d’Éducation Musicale et Chant Choral et à l’Agrégation de Musique, est membre du Laboratoire MA-REN-BAR (Moyen-Âge-Renaissance-Baroque), et est élue membre du Conseil d’Administration où elle siège durant deux mandatures.
Elle rejoint en 2001 l’Université de Nice Sophia-Antipolis où elle intègre le groupe de recherche RITM (Centre de Recherche sur l’Analyse et l’Interprétation des textes en Musique et dans les Arts du Spectacle) puis le CTEL (Centre Transdisciplinaire d’Épistémologie de la Littérature et des Arts Vivants). Elle y dirige la section Musique-Musicologie, ouvre la préparation au CAPES d’Éducation Musicale et Chant Choral ainsi qu’à l’Agrégation de Musique. Elle y a également exercé les fonctions de Déléguée à la Culture de l’UFR Lettres-Arts et Sciences Humaines, de Directrice du Département des Arts et est élue Vice-Présidente déléguée à la Culture (gouvernance d’A. Marouani). Elle est depuis 20 ans responsable du Master MEEF Éducation Musicale et Chant Choral de l’Université de Nice Côte d’Azur.
Passionnée par la pédagogie, elle a toujours tenue, tant à l’Université de Montpellier III qu’à l’Université de Nice Sophia Antipolis, à enseigner de la première année de Licence aux Master.
Elle publie et travaille sur la Musique du XVIIe siècle français, M. A. Charpentier, G. Carissimi, l’oratorio et tout ce qui touche aux musiques de la Contre-Réforme. La vocalité, la rhétorique, l’étude des silences, de la mise en scène de la parole mais aussi des images et de la représentation de la mort dans les musiques de l’âge Baroque ainsi que « Le geste musical, littéraire et dansé dans les œuvres du XVIIe siècle français », sont ses autres champs de recherche. Les travaux présentés pour l’Habilitation à diriger les recherches (Paris IV, Panthéon-Sorbonne) portent sur « Portrait de la Musique en France au XVIIe siècle à travers les lettres de Mme de Sévigné », ce qui appuie le désir de poursuivre les recherches basées sur les mémoires ou les correspondances et ce qu’ils et elles disent de la musique de leur temps.